A grosso modo, quando a empresa tem lucro, ela paga IR sobre este lucro. O que sobra vai para patrmônio e para distribuir para os sócios acionistas. Como a empresa já pagou o IR sobre o saldo, o que vai para para os acionistas não é tributado porque senão seria bi-tributação, o que não é permitido.
No JCP a empresa o excedente do lucro não é distribuído na form de lucros, mas como remuneração sobre o capital da própria empresa. Algo como se fosse juros de empréstimo -- renda fixa. Por isso, você paga o imposto.
É um assunto complexo. Se pesquisar na net você acha as leis etc., mas a grosso modo é isso aí.
