O limite de isenção só se aplica às ações.
Assim, se essa foi sua única operação em ações no mês totalizando R$ 5.000, o ganho (se houve) é isento, e não precisa ir para o DARF.
Já o lucro sobre o ganho de capital (valorização) dos FI (se houve) deve ser calculado e gerar DARF.