Imagino que você queira comprar ações para investimento de longo prazo, então, em tese, as diferenças de custo entre corretoras são poucas. Você deve pesquisar principalmente as taxas e forma de cobrança das corretoras. Por exemplo, se a corretora cobra mensalidade (que eles chamam de "taxa de custódia"), o ideal é que seja o menos valor possível. Algumas corretoras isentam esta taxa se você fizer um determinado número de operações.
Meu único conselho é fugir de corretoras que cobram valores percentuais sobre o total de dinheiro que você usou pra comprar ou vender ações. Tem a famosa "tabela Bovespa" que cobra valores percentuais. Sugiro que você fuja dessas corretoras, afinal você quer um prestador de serviço, não um sócio.
Por último, avalie o atendimento e reclamações de clientes. Isso você pode consultar pela Internet. Em geral, corretoras de banco são as piores neste quesito, apesar de já terem melhorado bastante ultimamente.
